Η Google του DNA – Νέα μηχανή αναζήτησης για τη γενετική πληροφορία

ΠΟΛΙΤΗΣ NEWS Δημοσιεύθηκε 19.6.2024
Η Google του DNA – Νέα μηχανή αναζήτησης για τη γενετική πληροφορία
Η νέα υπηρεσία αναζήτησης καλύπτει ήδη το το 10% των γνωστών αλληλουχιών DNA, RNA και πρωτεϊνών

Ένα εργαλείο λογισμικού που λειτουργεί σαν την Google του DNA υπόσχεται να διευκολύνει δραστικά μια πληθώρα ερευνητικών προγραμμάτων, από την ταυτοποίηση νέων παθογόνων παραγόντων μέχρι την κατανόηση της γενετικής βάσης ασθενειών.

Το εργαλείο MetaGraph δημιούργησε ψηφιακά ευρετήρια που καλύπτουν το 10% όλων των γνωστών αλληλουχιών DNA, RNA και πρωτεϊνών, καμαρώνουν οι δημιουργοί του στο Ομοσπονδιακό Τεχνολογικό Ινστιτούτο της Ζυρίχης (ETH Zürich).

Η μελέτη τους δεν έχει υποβληθεί ακόμα σε ανεξάρτητο έλεγχο και παρουσιάζεται ως προδημοσίευση στο αποθετήριο bioRxiv.

H ανάγκη για τέτοια εργαλεία γίνεται όλο και πιο πιεστική καθώς ο όγκος της αποθηκευμένης γενετικής πληροφορίας μεγαλώνει.

Η βάση δεδομένων SRA των αμερικανικών Εθνικών Ινστιτούτων Υγείας περιέχει σήμερα 50 χιλιάδες τρισεκατομμύρια ζεύγη βάσεων (50 petabase) από τον ανθρώπινο οργανισμό και χιλιάδες άλλα είδη ζώων, φυτών και μικροοργανισμών.

Τα σημερινά εργαλεία βιοπληροφορικής συχνά δεν μπορούν να διαχειριστούν αυτούς τους ωκεανούς δεδομένων και οι ερευνητές αναγκάζονται να περιορίζουν τις αναζητήσεις σε υποσύνολα αλληλουχιών.

Το Metagraph θα μπορούσε να δώσει λύση, καθώς οργανώνει τα γενετικά δεδομένα σε μια μαθηματική δομή που καταλαμβάνει πολύ λιγότερο αποθηκευτικό χώρο.

Η νέα βερσιόν του λογισμικού κάλυψε 5 petabase από το SRA και άλλες βάσεις δεδομένων και δημιούργησε ευρετήρια μέγιστου μεγέθους 10 gigabyte, αρκετά μικρά για να χωρούν σε έναν φορητό υπολογιστή.

Οι ερευνητές ελπίζουν τώρα να εξασφαλίσουν χρηματοδότηση για μια διαδικτυακή βερσιόν της μηχανής αναζήτησης.

Σε εξέλιξη βρίσκονται στο μεταξύ και άλλες παρόμοιες προσπάθειες. Τα αμερικανικά Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας υλοποιούν δικό τους πρόγραμμα, ενώ το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο Έρευνας ενέκρινε πέρυσι κονδύλι 2 εκατ. ευρώ για την ανάπτυξη εργαλείου που θα καλύπτει όλα τα δεδομένα της βάσης SRA.

Πηγή: in.gr

Tags

Πολιτική Δημοσίευσης Σχολίων
Οι ιδιοκτήτες της ιστοσελίδας www.politis.com.cy διατηρούν το δικαίωμα να αφαιρούν σχόλια αναγνωστών, δυσφημιστικού και/ή υβριστικού περιεχομένου, ή/και σχόλια που μπορούν να εκληφθεί ότι υποκινούν το μίσος/τον ρατσισμό ή που παραβιάζουν οποιαδήποτε άλλη νομοθεσία. Οι συντάκτες των σχολίων αυτών ευθύνονται προσωπικά για την δημοσίευση τους. Αν κάποιος αναγνώστης/συντάκτης σχολίου, το οποίο αφαιρείται, θεωρεί ότι έχει στοιχεία που αποδεικνύουν το αληθές του περιεχομένου του, μπορεί να τα αποστείλει στην διεύθυνση της ιστοσελίδας για να διερευνηθούν. Προτρέπουμε τους αναγνώστες μας να κάνουν report / flag σχόλια που πιστεύουν ότι παραβιάζουν τους πιο πάνω κανόνες. Σχόλια που περιέχουν URL / links σε οποιαδήποτε σελίδα, δεν δημοσιεύονται αυτόματα.
ΔΙΑΒΑΣΤΕ ΑΚΟΜΗ
ΗΠΑ: Ένοχος για διαφθορά κρίθηκε ο γερουσιαστής Ρόμπερτ Μενέντεζ – Καταδικάστηκε για δωροδοκία
ΚΟΣΜΟΣ

ΗΠΑ: Ένοχος για διαφθορά κρίθηκε ο γερουσιαστής Ρόμπερτ Μενέντεζ – Καταδικάστηκε για δωροδοκία

ΗΠΑ: Ένοχος για διαφθορά κρίθηκε ο γερουσιαστής Ρόμπερτ Μενέντεζ – Καταδικάστηκε για δωροδοκία

Στο φως 50 χρόνια μετά: Τι αποφάσισε η Τουρκική Εθνοσυνέλευση για την Κύπρο τρεις μέρες μετά το πραξικόπημα της 15ης...
ΠΟΛΙΤΙΚΗ

Στο φως 50 χρόνια μετά: Τι αποφάσισε η Τουρκική Εθνοσυνέλευση για την Κύπρο τρεις μέρες μετά το πραξικόπημα της 15ης...

Στο φως 50 χρόνια μετά: Τι αποφάσισε η Τουρκική Εθνοσυνέλευση για την Κύπρο τρεις μέρες μετά το πραξικόπημα της 15ης...

«Αδειάζει» Όρμπαν ο Σαρλ Μισέλ: «Δεν έχετε εντολή να συμμετέχετε στη διεθνή σκηνή εξ ονόματος της Ένωσης»
ΚΟΣΜΟΣ

«Αδειάζει» Όρμπαν ο Σαρλ Μισέλ: «Δεν έχετε εντολή να συμμετέχετε στη διεθνή σκηνή εξ ονόματος της Ένωσης»

«Αδειάζει» Όρμπαν ο Σαρλ Μισέλ: «Δεν έχετε εντολή να συμμετέχετε στη διεθνή σκηνή εξ ονόματος της Ένωσης»

Κίτρινη προειδοποίηση για ακραίες θερμοκρασίες αύριο - Πότε τίθεται σε ισχύ
ΚΥΠΡΟΣ

Κίτρινη προειδοποίηση για ακραίες θερμοκρασίες αύριο - Πότε τίθεται σε ισχύ

Κίτρινη προειδοποίηση για ακραίες θερμοκρασίες αύριο - Πότε τίθεται σε ισχύ

Υπ. Εργασίας: Δεν μπορεί να καταργηθεί το πέναλτι 12% για πρόωρη σύνταξη
ΟΙΚΟΝΟΜΙΑ

Υπ. Εργασίας: Δεν μπορεί να καταργηθεί το πέναλτι 12% για πρόωρη σύνταξη

Υπ. Εργασίας: Δεν μπορεί να καταργηθεί το πέναλτι 12% για πρόωρη σύνταξη