Tο ύψος των διδάκτρων των μεταπτυχιακών προγραμμάτων σπουδών του Πανεπιστημίου Κύπρου αυτοχρηματούμενων ή μη, πλήρους ή μερικής φοίτησης, καθορίζεται με απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου έπειτα από εισήγηση του Πανεπιστημίου.
Σύμφωνα με τα όσα αναφέρει το Πανεπιστήμιο Κύπρου σε ανακοίνωσή του «η εισήγηση για το ύψος των διδάκτρων προκύπτει μέσα από δημοκρατικές και διαφανείς διαδικασίες που διέπουν την λειτουργία των σωμάτων λήψης απόφασης του Πανεπιστημίου, οι οποίες δεν επιδέχονται εξωτερική παρέμβαση για τη λήψη οποιασδήποτε απόφασης».
Σημειώνεται ότι το Πανεπιστήμιο Κύπρου κατά τη διάρκεια της οικονομικής κρίσης αναφορικά με τα έτη 2013/14 έως 2016/17, υιοθέτησε μείωση σε ποσοστό 20% των διδάκτρων με απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου, σε όλα τα μη αυτοχρηματοδοτούμενα προγράμματα.
